software/vcftools-vcftools-490848f/src/cpp/vcftools --vcf /to/your/pathway/your.vcf --min-alleles 2 --max-alleles 2 --plink-tped --out /to/your/pathway/filesoftware/vcftools-vcftools-490848f/src/cpp/vcftool
阅读背景：
haploview出现“more than two alleles”的解决方法
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